Tijdens een rondreis door Griekenland raken David en zijn geliefde Naomi van elkaar gescheiden. Hij belandt na een ramp met een veerboot op het eiland Paros en raakt geobsedeerd door het plaatselijke kerkje uit de 4e eeuw na Christus. David komt op het spoor van een geheim dat sinds de Romeinse keizer Constantijn voor de mensheid verborgen is gebleven. Ondertussen speurt hij naar Naomi, die tot een eeuwenoude christelijke sekte blijkt te behoren en die zeker niet toevallig naar het Griekse eiland wilde reizen.

Het geheim van Paros begint waar boeken als de Da Vinci Code ophouden. Het boek is een combinatie van een thriller, een liefdesroman en een historische beschouwing dat de grondvesten van het christendom doet wankelen.